【2025年】農業用のドローンに使える主な補助金｜対象となる費用項目や申請方法を解説

日本の農業において、高齢化や人手不足が深刻化する中、農薬散布やセンシング（センサー技術を使った農地や作物の情報収集）に農業用ドローンが活用されています。

農業用ドローンは、生産性向上と作業効率化として注目されていますが、高性能なドローンの導入には、高額な初期費用が必要です。

そこで活用したいのが、国や自治体が提供する補助金制度です。これらの制度を活用すれば、費用負担を大幅に軽減し、スマート農業に転換させるための重要な一歩となります。

本記事では、農業用ドローン導入に使える主な補助金の種類や、費用、申請の流れを詳しく解説します。補助金を確実に獲得するための注意点についてもまとめているので、ぜひご参照ください。

補助金は後払いであるため、ドローンの購入費用を立て替える期間の資金繰り対策は必須です。融資実行までの期間や、開業後の日々の経営を安定させるには、ビジネスカード（法人カード）の利用は検討してください。

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農業用のドローンに使える主な補助金

農業用ドローンの購入に使える主な補助金は、以下の通りです。

農業政策を管轄する農林水産省系と、中小企業の設備投資や経営改善を支援する経済産業省系に分けられます。

農地利用効率化等支援交付金

農地利用効率化等支援交付金は、農地利用の効率化や高度化を図るための取り組みを支援するものです。ドローンを使った農地の測量や、スマート農業システムの導入といった業務の効率化を図る取り組みに、この交付金を活用できる可能性があります。

「融資主体支援タイプ」や「先進的農業経営確立支援タイプ」といった特定の類型において、農業用機械・施設の導入が支援対象です。

この交付金のメリットは、農業経営の基盤強化に直結するドローン導入に活用しやすい点です。特に、大規模化や共同利用を目指す農業者にとっては、長期的な視点でスマート農業への転換を国が後押ししてくれます。

ただし、補助率や上限額が地域や事業内容によって大きく異なるため、申請にあたっては詳細な情報収集に手間がかかります。

強い農業づくり総合支援交付金

強い農業づくり総合支援交付金は、産地の収益力強化や担い手の経営発展、地域農業者の減少・労働力不足に対応するものです。

主な目的は、農業支援サービス事業や生産事業モデルの育成支援です。この支援を通じて、地域全体の農業における効率化を図ることを目指しています。

特に「農業支援サービス事業支援タイプ」では、農業用ドローンを含むスマート農業機器を購入する費用などが補助対象です。農薬散布代行といった農業支援サービスを提供する事業者であれば、適用される可能性があります。

スマート農業機器の導入を促進する目的が明確なため、高性能ドローンの導入費用を効果的に抑えられる点はメリットです。一方で、公募期間が短く設定されることが多く、申請のための準備に時間をかけられない点には注意しましょう。

ものづくり補助金

ものづくり補助金は、経済産業省の主要な補助金のひとつです。中小企業・小規模事業者などが取り組む、革新的なサービス開発や試作品開発、生産性の向上に役立つ設備投資などを支援します。

農業分野においても、農業用ドローンの機体購入は「機械装置・システム構築費」として補助対象となるケースがあります。

この補助金は、補助上限額が最大数千万円と高額です。高額な最新鋭ドローンや、データ解析システムといった関連システムを導入する際に大きなメリットがあります。

ただし、補助金の趣旨から、単に既存設備を更新するような汎用性の高いものは補助の対象となりません。ドローン本体であっても、革新的な生産性向上につながるものでなければ採択は難しくなります。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が、持続的な経営に向けた販路開拓や生産性向上のための取り組みを支援するものです。

農業分野においても、ドローン導入は「機械装置等費」として、作業効率向上や販路開拓を目的とする場合に補助対象です。チラシ作成やECサイト構築などの販促費用と合わせて、少額のドローンや関連ソフトの購入を考えている方にも利用実績があります。

この補助金は、個人農家や小規模法人が比較的申請しやすく、販路開拓や生産性向上など幅広い用途に利用できる点が大きなメリットです。特に、直売所やECサイトで野菜の販売を強化するために、ドローンで農地の様子を撮影し販促ツールとして活用したい場合に効果的です。

しかし、補助上限額が小さいため、高額な農業用ドローン本体の購入費用を主として賄うのには向いていません。

補助金対象となる農業用ドローンの主な費用項目

農業用ドローンを導入する際にかかる補助金の対象となる経費は、本体代の価格だけではなく以下の費用も含まれます。

項目①｜機体本体や周辺パーツの価格

農薬散布用ドローンやセンシングドローンなど、事業計画に記載された目的専用の機体の購入費用は、補助金の主要な対象です。高性能な農業用ドローンの機体価格は、一般的に100万円〜300万円が相場です。

また、ドローンの運用に不可欠な機器なども対象経費で、例えば、予備のリチウムイオンバッテリーや専用の運搬・保管ケースなどが該当します。高性能な充電器や、長時間の作業効率を確保するために複数購入が認められるケースもあります。

項目②｜導入・運用に必要な費用

機体本体以外に、導入後の運用を確実にするための費用も対象です。

ドローンを新規に導入する際に、オペレーターが安全かつ正確な操縦技術を習得するためのドローンスクール費用は、補助対象となりやすいです。また、外部の企業から、ドローンの運用に必要な特許やノウハウなどを導入する際の費用も、補助金の種類によっては認められます。

農業用のドローンの補助金の申請方法

農業用ドローンの補助金申請は、以下の手順に沿って申請しましょう。

農業用ドローンの補助金申請は、多くの事業者が競争する採択プロセスであり、正確な準備と法令の順守が不可欠です。

1.情報収集

補助金申請の最初のステップは、ドローンの導入目的に合う補助金の種類を特定し、公募要領を隅々まで確認することです。補助対象経費の範囲や補助率、スケジュールといった基本的な情報だけでなく、申請に必要な必須要件や加点項目なども見ておく必要があります。

例えば、以下のような判断がひとつの目安となるでしょう。

この段階で、農政局や商工会などの申請窓口に相談し、申請の方向性を確認しておくとスムーズです。

2.事前準備

情報収集をしたら、対象の補助金申請に必要な事業計画書の準備と、行政手続きを並行して進めます。多くの補助金申請で必須となる「GビズIDプライムアカウント」は、取得に時間がかかるため、早めに申請しておくことが重要です。

GビズIDプライムアカウントは、補助金の電子申請システムを利用する際に、事業者本人であることを証明するための共通IDです。

事業計画書では「なぜドローンが必要か」「導入後にどのように売上や生産性を向上させるか」を具体的かつ定量的に盛り込みましょう。審査員への説得力が高まるように、現状の課題やドローン導入後に想定される成果をまとめます。

また、導入を検討している機体やシステムの見積書、カタログを正確に取得する必要があります。

3.申請書の提出

申請書類の提出にあたっては、まず公募要領で指定されているすべての書類に漏れがないかを十分に確認してください。主な提出書類は、以下の通りです。

• 申請書本体
• 事業計画書
• 農業用ドローンの見積書
• 決算書・確定申告書
• 納税証明書

書類が揃っていることを確認した後、指定された電子申請システムを用いて、必ず期限内に提出します。なお、農林水産省関連の交付金については、国ではなく、市町村が定める提出期限と方法に従って申請手続きをする必要があります。

4.審査・採択

提出された事業計画書および添付書類に基づき、審査機関による厳格な審査が実施されます。審査では、主に以下の点が確認されます。

この審査に通過し、交付申請の内容が正式に認められれば、申請者に「交付決定通知書」が届きます。この通知書が届いた日付、または通知書に記載された日付が、事業経費の支出を開始して良いとされる補助事業開始日です。

5.ドローンの購入

審査に通過したら、ドローンおよび関連システムを正式に発注・購入します。

補助事業を進める上で、「交付決定通知書」が届く前に、ドローンや関連システムの発注、契約締結、支払いを絶対にしてはいけません。フライングして契約等を行った場合、その経費は補助金の対象外となり、全額自己負担となります。

公費の支出となるため、購入手続きは厳格に行い、発注書や契約書、請求書など、すべての証拠書類を厳重に保管する義務があります。これらの書類は、事業完了後の実績報告と検査で、購入事実と金額の適正さを証明するための重要なエビデンスです。

6.事業実施

ドローンの購入や関連システムの導入が完了した後は、策定した事業計画書の内容に基づき、本格的に事業を実施します。具体的には、ドローンを利用した農薬や肥料の散布やカメラやセンサーを用いた野菜の生育状況のデータ取得などです。

事業の実施期間を通じて、以下のような実績報告に必要な資料を収集する必要があります。

• 導入したドローンやシステムの写真
• ドローン利用状況の記録
• 事業による売上や作業効率化に関する実績データ

これらの資料は、補助金が正しく使われ、事業が計画通りに実施されたことを証明するためのものです。紛失や破損がないよう厳重に管理しましょう。

7.補助金の交付

事業の実施期間が完了した後、速やかに実績報告書を作成します。その際、ドローンの購入やシステム導入にかかった費用を証明する証拠書類一式を添えて、市区町村などの提出窓口に提出します。提出された報告書の内容に基づき、補助事業が適正に実施されたことが確認されて、補助金の額が確定する流れです。

その後、請求手続きをすると、指定された金融機関の口座に補助金が振り込まれます。補助金は事業実施後の「後払い」となるため、事業実施期間中は立て替える資金が必要になることに十分留意してください。

農業用のドローンの補助金を申請する際の注意点

農業用のドローンを導入し、補助金を活用することは大きなメリットがありますが、採択されるには、以下の注意点を押さえることをおすすめします。

それぞれ、詳しく見ていきましょう。

注意点①｜操縦スキルを身に付ける必要がある

農業用ドローンの補助金審査では「事業計画で定めた成果（生産性の向上や売上増加など）」が、ドローン活用によって本当に実現可能であるかが問われます。

ドローンの操縦経験がないまま高額なドローン導入を申請しても、計画倒れや事故による事業中断のリスクが高いと判断される可能性が高いです。そのため、公的資金を投じる対象として不適格と見なされやすくなります。

不採択にならないように、補助金を申請する前にドローンの講習を受講することは有効です。ある程度の操縦経験や知識を身に付けておくと、計画の実現可能性が裏付けられ、審査における信頼性が高まります。

注意点②｜ドローンの火災リスクを知る

農業用ドローンで使用される高出力なバッテリー（主にリチウムイオンバッテリー）は、充電方法や保管方法を誤ると、発火や火災を引き起こすリスクがあります。補助対象の経費としてドローンが認められた場合でも、導入後の安全な保管方法や管理体制は確保しなければなりません。

事業の継続と安全性の観点から必須なので、バッテリーの適切な管理と安全教育を徹底してください。事業計画書にも安全管理に関する項目を盛り込むことで、審査における信頼性が向上します。

注意点③｜法令を順守する

農業用ドローンを使って特定飛行をする際は、国土交通省の許可・承認が必須です。この許可を得るためには、申請者に必要な操縦経験と知識が求められます。

補助金を受けてドローンを購入したにもかかわらず、計画通りにドローンを運用できなかった場合、補助事業の成果が未達成と判断されやすいです。その結果、最悪の場合には補助金の返還を求められるリスクがあります。

そのため、導入前から関連法令や許可要件を正確に理解し、必要な手続きを進めることが重要です。

注意点④｜補助対象外の経費もある

農業用ドローンの補助金では、機体や関連システムの費用は対象となりますが、すべての経費が補助されるわけではありません。

具体的には、農薬、燃料、一部のバッテリーといった消耗品や、導入後の修理費、通信費などのランニングコストです。対象外となるものもあるため、申請前に必ず確認するようにしましょう。

補助金が不採択になった際の対処法

農業用ドローンの補助金が不採択になったとしても、すぐに諦める必要はありません。以下の対処法を実施して、計画を改善し採択を目指して再挑戦しましょう。

対処法①｜不採択理由を確認する

不採択通知が来たら、まず公募要領の審査項目をチェックし、自分の事業計画が各項目に十分応えられていたかを厳しく自己評価します。「補助対象経費の必要性は明確か」「投資対効果は十分か」といった論点を重点的に振り返りましょう。

また、事務局のコールセンターなどに問い合わせることで、審査員の所感や定型的なコメントを口頭で教えてもらえる場合があります。このフィードバックは、計画を改善するために最も貴重な情報です。

対処法②｜事業計画書を改善する

審査で重要視されるのは、ドローン導入による定量的な効果です。改善にあたっては以下のように、具体的な成果を数値で明確に記載してください。

「ドローンによる精密散布を導入することで、農薬の使用量を従来の〇%に抑え、〇〇円のコスト削減が見込める」

また、申請した補助金の目的に、ドローン導入が適している理由や、費用対効果が高い理由を論理的に強調することが重要です。

対処法③｜再申請ができる補助金を探す

農業用ドローンの補助金が不採択となった場合、同じ補助金の再公募を待つだけでなく、別の補助金に切り替えることも有効です。補助金の公募は年に1回〜数回と決まっているため、不採択が判明した時点で再申請を視野に入れ、次のスケジュールを改めて調整する必要があります。

時間を無駄にしないよう、すぐに情報収集をして、次の申請に向けた準備を始めることが重要です。

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まとめ：農業用ドローンを購入するなら補助金を検討しよう

農業用ドローン導入のための補助金申請は、厳密な手順と準備が必要です。本記事を参考にして、計画的に準備を進めましょう。

重要な注意点は、審査通過後「交付決定通知書」が届くまでは、ドローンの発注や契約を絶対にしてはいけないことです。フライング発注は全額自己負担となるため、購入は必ず通知日以降とし、すべての証拠書類を厳重に保管してください。

補助金は事業完了後に受け取れるものです。事業実施期間は計画通りにドローンを活用し、実績記録を収集します。期間終了後、実績報告書と購入証拠書類一式を提出し、審査を経て補助金が交付されるようになります。